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1、企业所得税弥补亏损方法分三种情况：第一种情况，境内、外企业以及分支机构之间的盈亏能否互抵 现行企业所得税是法人所得税，因此除另有规定外，境内企业之间、境内与境外企业之间、境外企业之间的盈亏不得互抵。
2、“另有规定”是指企业合并、分立适用特殊性税务处理时亏损的承继弥补。
3、 企业在汇总缴纳企业所得税时，境内分支机构之间的盈亏允许互抵，境外同一国家（地区）分支机构之间的盈亏允许互抵，境外不同国家（地区）分支机构之间的盈亏不得互抵，境内与境外分支机构之间的盈亏也不得互抵。
4、 境内与境外分支机构之间的盈亏不得互抵，是指境外营业机构的亏损不得抵减境内营业机构的盈利，但境外营业机构的盈利可以弥补境内营业机构的亏损。
5、根据国税发[2008]101号文和国税函[2008]1081号文规定，对已计入利润总额的境外应税所得应先进行纳税调整减少处理，再用于弥补境内亏损，最后就其余额按税收抵免法计算补税。
6、企业所得税年度纳税申报表附表三《纳税调整项目明细表》第12行“境外应税所得”填报说明表明，对纳税人计算利润总额的境外成本费用应作为“调增金额”，对纳税人计算利润总额的境外收入应作为“调减金额”。
7、主表第22行“境外应税所得弥补境内亏损”，应填报纳税人根据税收规定，境外所得可以弥补境内亏损的数额，与附表六《境外所得税抵免计算明细表》第7列“可弥补境内亏损”应一致。
8、根据附表六填表说明，“境外应税所得”是指境外所得换算含税所得减去弥补以前年度亏损（指境外同一国家或地区的以前年度亏损，笔者注）和免税所得后的余额。
9、第二种情况，境外分支机构的亏损如何弥补 《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号）第三条规定，在汇总计算境外应纳税所得额时，企业在境外同一国家（地区）设立不具有独立纳税地位的分支机构，按照企业所得税法及实施条例的有关规定计算的亏损，不得抵减其境内或他国（地区）的应纳税所得额，但可以用同一国家（地区）其他项目或以后年度的所得按规定弥补。
10、《国家税务总局关于发布<企业境外所得税收抵免操作指南>的公告》（国家税务总局公告2010年第1号）明确，企业在同一纳税年度的境内外所得加总为正数的，其境外分支机构发生的亏损，由于上述结转弥补的限制而发生的未予弥补的部分（以下称为非实际亏损额），今后在该分支机构的结转弥补期限不受5年期限制。
11、 因此，企业在汇算清缴填报年度纳税申报表时，如果利润总额的计算包括境外分支机构的亏损额，按照附表三第12行“境外应税所得”的填报要求，对导致利润总额减少的境外分支机构的亏损，无论是实际亏损额，还是非实际亏损额，均应做纳税调整增加处理。
12、以后年度企业对境外分支机构的亏损结转弥补的，应在附表六第4行“弥补以前年度亏损”按规定填报。
13、第三种情况，境内分支机构的亏损如何弥补 根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法>的通知》（国税发[2008]28号）的规定，汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
14、汇总纳税企业在统一计算应纳税所得额时可将境内总、分支机构的盈亏互相抵补。
15、对总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，国税发[2008]28号明确，允许在法定剩余年限内继续弥补。
16、总机构弥补分支机构2007年及以前年度尚未弥补完的亏损时，填报企业所得税年度纳税申报表附表四“弥补亏损明细表”第3列“合并分立企业转入可弥补亏损额”对应行次。
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