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1、 环境生态系统工程的研究对象一般分为微观和宏观两大类：空气、水质、废弃物、噪声等污染防治方案的选优和水库、大坝、河流、农场等生态环境影响的评价，均属于微观问题；而城市环境生态质量评价、区域环境生态系统规划、环境生态系统的经济社会分析，以及环境生态系统的预测、规划和决策等全局性和战略性的问题，则是宏观问题。
2、环境生态系统工程的理论和方法大多是应用于宏观方面，用以解决环境保护的评价、预测、规划和决策问题。
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